Основано в 1771 году, когда в соответствии с указом Императрицы Екатерины II, вызванном чумой, предписывалось организовать общегородские кладбища за городской чертой. Вокруг кладбища надлежало установить забор, а также построить на его территории церковь. Под это было отведено место на выезде из
Коломны в сторону Астрахани, а в 1775 году началось строительство церкви апостолов Петра и Павла, законченное в 1779 году.
Спустя столетие кладбище преобразилось. В 1888 году в память о чудесном спасении Императора Александра III при крушении поезда строится каменная колокольня.
Петропавловское кладбище стало последним приютом защитников Отечества в войнах конца XVIII, в XIX в. и в первых десятилетий XX столетия.
1941 г. - прекращаются богослужения в храме. Колокольню сломали, в храме устроили склад, а позже разместили спортшколу
Последние захоронения относятся к началу 1940-х годов
Во время Великой Отечественной Войны здесь производились массовые захоронения погибших на фронте и умерших в Коломенской центральной больнице. Хоронили целыми грузовиками — большой котлован наполнялся усопшими, после засыпался землей.
1943 г. - кладбище было закрыто для захоронений. .
Неофициально коломенцы продолжали захоронения на кладбище и после 1913 года - они посчитали, что открытое
Старое городское кладбище находится далеко.
Кладбище было осквернено и уничтожено в конце 1960 годов, его просто сравняли с землей с помощью бульдозеров.
Часть надгробий родственники смогли перенести на Старое городское кладбище
В 1970 годы были снесены такие здания, как двухэтажный каменный дом, богадельня, построенная в 18 столетии, а также одна из каменных часовен ограды.

Богодельня при Петропавловском кладбище
Но застроить кладбище советские власти не рискнули, здесь был разбит
Мемориальный парк.
В 1970 году в парке открылся мемориал "От коломенцев землякам, павшим в Великую Отечественную войну 1941-1945 г.г." С этого же дня здесь горит вечный огонь — частица пламени с могилы неизвестного солдата в Москве. Чуть в стороне от основного мемориала установлена скульптура "Скорбящая Юность".
В 1977 году в храме апостолов Петра и Павла был открыт музей боевой славы.
В 1996 году с северной стороны храма, на месте погребения отца и родственников митрополита Филарета (Дроздова), был установлен памятный крест. Ежегодно, 2 декабря, в день памяти небесного покровителя города
Коломны святителя Филарета Московского, митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий служит на этом месте заупокойную литию.
В 2003 году общине храма были переданы две уцелевшие часовни — во имя преподобного Сергия Радонежского и святителя Николая Чудотворца. Последняя, находящаяся в ограде бывшего кладбища, была полностью отреставрирована и теперь ежедневно открыта для верующих.
2 июня 2009 года храм апостолов Петра и Павла вернули верующим. В это же время принимается решение о строительстве нового здания для Музея боевой славы. Строительство было объявлено народной стройкой, как и в 1970 году, когда добровольные взносы коломенцев составили почти половину от затрат на создание памятника погибшим в годы войны и благоустройство территории.
Музей боевой славы был открыт 7 мая 2010 году — в канун празднования 65-летия Победы в Великой Отечественной войне. Фасад музея представляет собой развевающееся красное знамя, которое "символизирует победу над Германией и напоминает о людях, отдавших свою жизнь за Родину". На арке, рядом с входом в музей, размещён бронзовый набатный колокол. В музее действует постоянная экспозиция "Военно-историческое наследие
Коломны", показывающая воинскую историю
Коломны.
Известные личности, захороненные на кладбище:
- Григорий (Самарин), православный святой
- Дроздов Михаил Федорович, протоиерей, отец святителя Филарета Московского
- Каплин Павел Кузьмич поэт